Jedinci se spinální muskulární atrofií mají mutaci genu pro SMA, díky tomu netvoří dostatek proteinu (bílkoviny) SMA, který je nezbytný pro správnou funkci neuronů. Pokud neuronům tento protein chybí, dochází postupně k jejich zániku. Abychom mohli hýbat svaly, musíme vyslat signál z mozku právě pomocí neuronů, které pak pohyb svalů řídí. Pokud tyto neurony chybí, není možné svaly ovládat, a protože svaly není možné používat, dochází postupně k jejich ochabování a úbytku (atrofii). Dítě tak postupně ztrácí schopnost se pohybovat, ale i polykat či dýchat.
Průběh onemocnění je u každého jedince velmi individuální, přesto se ale SMA člení do několik forem s různě rychlou progresí onemocnění, s čímž přímo souvisí prognóza a očekávaná délka dožití.
Typ I je nejtěžší formou SMA. Nemoc se začíná projevovat velmi brzy po narození, nejpozději do 6. měsíce života. Děti nejsou nikdy schopny samostatného sedu. Svalová slabost rychle progreduje a velmi brzy se dostavují i dechové obtíže.
Tato středně těžká forma se začne projevovat do 18. měsíce života. Děti jsou po nějakou dobu schopny samostatného sedu, nikdy však samostatné chůze. Obtíže progredují pomaleji, nicméně i tito jedinci postupně ztrácejí schopnost se pohybovat a dostavují se u nich dechové obtíže.
Tato lehká forma SMA se začíná projevovat až po 18. měsíci života. Děti jsou po nějakou dobu schopny samostatné chůze. Progrese onemocnění je pomalá a jedinci se obvykle dožívají dospělosti.
Tato forma se začíná projevovat až v dospělosti, její progrese je velmi pomalá a délku života obvykle výrazně nezkracuje.